| 花蓮工務段 | 掌理花蓮縣北部省道之養護與工程設計施工及其他有關事項。 | |
| 太魯閣工務段 | 掌理花蓮縣之西北部省道之養護與工程設計施工及其他有關事項。 | |
| 玉里工務段 | 掌理花蓮縣之南部省道之養護與工程設計施工及其他有關事項。 | |
| 金岳工務段 | 一、掌理台9線蘇花路廊路段交控、機電養護管理。二、蘇花路廊全區交通管理。三、宜花省道交控設備養護管理。 | |
| 雲嘉南區養護工程分局 | 辦理雲林縣、臺南市、嘉義縣市轄區公路養護、拓建及災害搶修等業務。 | |
| 斗南工務段 | 辦理雲林縣東北部省道之公路、橋梁養護、施工監工及災害搶修事項 | |
| 水上工務段 | 辦理雲林縣西南部及嘉義縣西部省道之公路、橋梁養護、施工監工及災害搶修事項 | |
| 新營工務段 | 辦理台南市西北部省道之公路、橋梁養護、施工監工及災害搶修事項 | |
| 新化工務段 | 辦理台南市西南部省道之公路、橋梁養護、施工監工及災害搶修事項 | |
| 曾文工務段 | 辦理嘉義縣東部省道及台南市東部省道之公路、橋梁養護、施工監工及災害搶修事項 | |