本局置局長、3位副局長、主任秘書及總工程司。

本局局內共設6個組、5個室、3個中心及1個車輛行車事故鑑定覆議會。

6個組為：規劃組、新工組、養路組、用地組、機料組、監理組
5個室為：資訊室、秘書室、人事室、主計室、政風室
3中心為：公路防災中心、用路人服務中心及運輸管理中心

規劃組下設規劃科、工程計畫科、交通工程科、資料科及環境工程科
新工組下設施工科、設計科、工事科及勞工安全科
養路組下設養護科、道路工程科、管理科及景觀科
用地組下設地籍管理科、路權科及產業科
機料組下設採購科及機料科
監理組下設企劃科、駕駛人管理科、牌照科及交通安全科

資訊室下設規劃設計科及資料管制科
秘書室下設事務科、出納科、文檔科、研考科、公關科及法制科
人事室下設人力科、考訓科及給與科
主計室下設歲計科、會計科、審核科及統計科
政風室下設第一科、第二科、第三科

公路防災中心下設第一分組及第二分組
運輸管理中心下設運輸規劃科及綜合運輸科

本局外部共設5個養護工程處、5個新建工程處、材料試驗所、7個監理所、公路人員訓練所及7個車輛行車事故鑑定會

第一區養護工程處包括6個工務段及5個監工站
第二區養護工程處包括8個工務段、1個工務所及6個監工站
第三區養護工程處包括8個工務段、2個工務所及17個監工站
第四區養護工程處包括6個工務段、1個工務所及15個監工站
第五區養護工程處包括6個工務段、2個工務所及4個監工站

5個新建工程處為：西部濱海公路北區臨時工程處（含3個工務段）、西部濱海公路中區工程處（含5個工務段）、西部濱海公路南區臨時工程處（含3個工務段）、蘇花公路改善工程處（含5個工務段）及東西向快速公路高南區工程處（含5個工務段）

臺北區監理所底下包括5個監理站及1個監理分站
新竹區監理所底下包括4個監理站
臺中區監理所底下包括4個監理站及1個監理分站
嘉義區監理所底下包括5個監理站及1個監理分站
高雄區監理所底下包括4個監理站及1個監理分站
臺北市區監理所包括3個監理站
高雄市區監理所包括1個監理站

公路人員訓練所底下尚有2個訓練中心

7個車輛行車事故鑑定會分布於竹苗區、彰化縣區、南投縣區、嘉雲區、屏澎區、基宜區及花東區