蘇花公路山區路段改善工程總長度38.8公里，共有8座隧道，長度24.5公里，占全路段63%，其中觀音、谷風隧道相連，長達12.6公里，故長隧道的行車安全是蘇花改營運的主要課題。
因此，在規劃設計階段即未雨綢繆整體考量長隧道路段之安全架構、監控系統建置、通風及消防系統、營運管理策略及通車階段之車種開放評估，來降低隧道事故之影響與損失。
公路總局表示基於隧道行車安全及以下原因，長隧道未開放機車行駛：
1. 隧道內空間與視野具封閉性，考量長隧道空氣品質、噪音、溫度對暴露於外之機車用路人具身心理負面影響，評估長隧道機慢車用路者有其不確定性之行車安全顧慮及管理風險。
2. 考量對環境及生態的維護且通車後降低對地區的衝擊，蘇花改並非以大量通行為目的，因此規劃雙向各1車道通行，同時為改善原蘇花公路的行車安全，大貨車將開放行駛蘇花改而禁行原蘇花公路。因大貨車之車流相當高，在超過3公里的隧道，僅1車道且大型車行駛的條件下，機車混流行駛其危險性偏高，故不建議機車行駛。
未來既有蘇花公路(台9丁線)定位以觀光休閒機能為主，提供慢車、機車、小汽車、大客車等行駛，公路總局除持續加強蘇花公路的行車安全，在既定維護工作外，更會導入科技與風險管理辦理邊坡安全維護，再提升蘇花公路的安全行車環境，更將其活化成為最美的景觀公路，作為慢活的運輸路線。
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